poljoprivredna mikrobiologija, grana mikrobiologije koja proučava mikroorganizme značajne za različita područja poljoprivredne proizvodnje i zaštite okoliša. Uključuje niz mikrobioloških disciplina poput mikrobne ekologije, te mikrobiologije tla, namirnica, mlijeka i mliječnih proizvoda, vina i sl. Suvremeni razvoj poljoprivrede temelji se na povećanju produktivnosti, ali uz zaštitu prirodnih resursa, očuvanju bioraznolikosti i što većem iskorištavanju prirodnih procesa, pri čemu korisni mikroorganizmi imaju nezamjenjivu ulogu pa njihovo primjenjivanje unapređuje poljoprivrednu održivost (smanjeni unos agrokemikalija, štednja neobnovljivih izvora energije i smanjenje onečišćenja okoliša).

Razvoj poljoprivredne mikrobiologije u Hrvatskoj započeo je 1922. kada je na Gospodarsko-šumarskom fakultetu (→ Agronomski fakultet) utemeljen Zavod za gospodarsku mikrobiologiju i mljekarstvo na kojem su se istraživale mikrobiologija tla, biološka fiksacija dušika (1932. proizveden je prvi preparat za inokulaciju soje), mikroorganizmi buraga, utjecaj agrotehničkih mjera na mikroorganizme tla te organska gnojiva dobivena radom gujavica (Lumbricidae). Na istom fakultetu 1993. osnovan je Laboratorij za molekularnu mikrobiologiju kojega su istraživanja usredotočena na bioraznolikosti autohtonih sojeva simbioznih fiksatora dušika, te autohtone vinske kvasce. Danas se pretežno istražuju korisne zajednice biljaka i mikroorganizama te raznolikost i karakterizacija prirodnih populacija mikroorganizama važnih za poljoprivrednu proizvodnju (npr. simbiozni fiksatori dušika i bakterije mliječne kiseline). Znanstveni interes istraživača na → Fakultetu agrobiotehničkih znanosti u Osijeku usmjeren je na istraživanja i primjenu u praksi (selekcija sojeva za pripremu inokulata i starter kultura, tj. razvoj mikrobioloških preparata koji unapređuju održivost poljoprivredne proizvodnje), mikrobiologiju tla, posebno na istraživanje utjecaja organske i mineralne gnojidbe na mikroorganizme i mikrobiološke procese u tlu, utjecaj agromelioracija i hidromelioracija na mikroorganizme tla, biološku fiksaciju dušika te inhibiciju rasta fitopatogenih gljiva i njihovih mikotoksina.

Istaknuti su znanstvenici u području poljoprivredne mikrobiologije → Ljudevit Gutschy, Mara Prša, Sulejman Redžepović, Dragutin Kalinović, Zlata Milaković, Suzana Kristek, Gabriella Kanižai Šarić, Sanja Sikora, Mihaela Blažinkov i Mirna Mrkonjić Fuka. Nastava iz poljoprivredne mikrobiologije, na svim razinama (preddiplomski, diplomski, poslijediplomski i specijalistički studij), izvodi se na oba fakulteta. Poljoprivredna mikrobiologija izučava se i na Sveučilišnome studiju Mediteranska poljoprivreda u Splitu, na → Veleučilištu Marko Marulić u Kninu, → Veleučilištu u Slavonskom Brodu (sv. 1), → Veleučilištu u Požegi i → Veleučilištu u Rijeci (sv. 1). Nastava se izvodi i u mnogim srednjim školama (Slavonski Brod, Vinkovci, Osijek, Požega).