Hrvatske vode, neprofitna pravna osoba za upravljanje vodama koju je osnovala RH 1996. sa sjedištem u Zagrebu. Djelatnost obuhvaća planiranje i financiranje regulacijskih i melioracijskih radova, izdavanje vodopravnih akata, vođenje vodne dokumentacije, sufinanciranje gradnje vodoopskrbnih vodnih građevina i građevina javne odvodnje te pročišćavanja otpadnih voda.
Osnivanje Družtva za regulaciju rieke Vuke 7. IX. 1876. u Osijeku pod pokroviteljstvom đakovačkog biskupa Josipa Jurja Strossmayera označilo je početak organiziranog upravljanja vodama u Hrvatskoj (→ gospodarenje vodama). Društvo je osnovano radi potrebe regulacije i obrane od poplava, isušivanja močvara i uspostave plovnih putova na Vuki. Dan osnivanja društva danas se obilježava kao Dan Hrvatskih voda. U sljedećem razdoblju osnivali su se razni uredi i ispostave kao i prve organizacije vodnogospodarske djelatnosti. Nakon II. svj. rata donesen je niz zakona te je došlo do mnogih promjena u organiziranju vodnoga gospodarstva potaknutih industrijalizacijom, razvojem prometnica i urbanizacijom naselja, kao i čestim promjenama Ustava i promjenama nadležnosti između savezne države i republike.
Osamostaljivanjem RH i donošenjem novoga Zakona o vodama 1991. organizacija vodnoga gospodarstva je znatno izmijenjena. Ukinut je sustav socijalističkoga samoupravnog interesnog organiziranja i organiziranje vodoprivrednih poduzeća u OUR-e. Prestale su djelovati sve samoupravne vodoprivredne interesne jedinice (SVIZ), a njihova prava, obveze i sredstva preuzela su javna vodoprivredna poduzeća (JVP). Na državnoj razini organizirana je JVP Hrvatska vodoprivreda koja je integrirala SOUR Vodoprivreda Hrvatske i četiri vodoprivredne RO na vodnim područjima te svih pet samoupravnih interesnih zajednica. Državna uprava za vodoprivredu osnovana je 1994., a 1996. preimenovana je u Državnu upravu za vode kao samostalno tijelo državne uprave na razini RH.
Hrvatske vode osnovane su 1996. prema Zakonu o vodama i odlukom Vlade RH kao neprofitna pravna osoba i pravni sljedbenik JVP-a Hrvatske vodoprivrede, a vodno se zakonodavstvo uskladilo s Ustavom RH. Vode su pravno određene kao opće dobro nad kojim nitko nema pravo vlasništva, površinske vode definirane su kao državne vode i lokalne vode, uvedeni su instituti opće uporabe voda i vodnoga dobra, definiran je inundacijski pojas te je određeno da se pravo iskorištavanja voda stječe na osnovi koncesija.
Djelokrug Hrvatskih voda uključivao je sve poslove upravljanja vodama na državnoj razini i na razinama slijevnih područja: od pripreme koncepcijskih rješenja, planiranja, prikupljanja sredstava i financiranja radova do organiziranja neposrednog izvođenja radova, organiziranja obrane od poplava i drugih oblika zaštite od štetnog djelovanja voda te obavljanja određenih poslova u vezi s organizacijom i kontrolom iskorištavanja i zaštite vode.
Hrvatske vode zadržale su poslove Javne službe. Istodobno su se razdvojili poslovi upravljanja od djelatnosti građenja, tehničkog i gospodarskog održavanja vodnih građevina i drugih sličnih poslova izvođenja tehničkih radova. Za poslove operativnog upravljanja vodama ustrojeni su vodnogospodarski odjeli na svakom od četiri vodna područja te za slijevno područje grada Zagreba, a za neposredno obavljanje poslova organiziranja radova, prikupljanje sredstava i suradnju s jedinicama lokalne samouprave na svakom je slijevnom području organizirana ispostava Hrvatskih voda. Iz JVP-a Hrvatske vodoprivrede izdvojio se i projektni odjel koji je postao samostalno društvo Vodoprivredno-projektni biro Javna vodoprivredna poduzeća za slijevna područja preoblikovala su se u trgovačka društva koja obavljaju djelatnosti održavanja regulacijsko-zaštitnih vodnih građevina, građevina osnovne i detaljne melioracijske odvodnje te regulacije voda I. i II. reda. Na području RH djeluju Bistra (Đurđevac), Brana (Virovitica), Brodska Posavina (Slavonski Brod), Cetina (Sinj), Hidroing (Varaždin), Hidroregulacija (Bjelovar), Karašica – Vučica (Donji Miholjac), Lonja – Strug (Kutina), Međimurske vode (Čakovec), Neretvanski sliv (Opuzen), Odvodnja (Darda), Vodogradnja Rijeka, Vodoprivreda (Novigrad), Vodoprivreda Daruvar, Vodoprivreda Karlovac, Vodoprivreda Lonja – Zelina (Dugo Selo), Vodoprivreda – Nova Gradiška, Vodoprivreda Novska, Vodoprivreda Sisak, Vodoprivreda Split, Vodoprivreda Vinkovci, Vodoprivreda Vrgorac, Vodoprivreda – Zagorje, Vodoprivreda Zagreb, Vuka (Osijek).
Hrvatske vode čine tri osnovne cjeline: Direkcija, vodnogospodarski odjeli (VGO) i Odjel za hidrotehničke objekte. Direkciju čine Ured generalnog direktora, sektori (razvitka, financija, korištenja voda, zaštite vode, planiranja i tehničke kontrole, financija, pravnih i kadrovskih poslova, informacijske i komunikacijske tehnologije, logistike, projekti sufinancirani sredstvima EU i podrška pripremi i provedbi EU projekata), jedinice (provedba Nacionalnog programa navodnjavanja i gospodarenja poljoprivrednim zemljištem i priprema i provedba EU projekata zaštite od štetnog djelovanja voda), Zavod za vodno gospodarstvo, središnje službe (Samostalna služba za unutarnju reviziju, Središnja služba za javnu nabavu, Središnja služba za vodne naknade i Središnja služba za javno dobro), Zavod za vodno gospodarstvo, Glavni vodnogospodarski laboratorij te Glavni centar obrane od poplava. Teritorijalne jedinice Hrvatskih voda nalaze se na vodnome području rijeke Dunava i jadranskome vodnom području, a čini ih šest VGO-a u sastavu kojih su vodnogospodarske ispostave. Na vodnome području Dunava nalaze se VGO-i za srednju i donju Savu, za gornju Savu, za Muru i gornju Dravu te za Dunav i donju Dravu, a na jadranskome vodnom području VGO-i za sljevove sjevernoga Jadrana i za sljevove južnoga Jadrana.
Od 2005. Hrvatske vode provode Nacionalni projekt navodnjavanja i gospodarenja poljoprivrednim zemljištem i vodama. Do 2023. u sklopu projekta izgrađeno je 28 novih sustava natapanja (16 937 ha), a devet sustava je djelomično ili potpuno sanirano (3987 ha). Izgrađen je dovodni melioracijski kanal za natapanje Biđ-bosutskog polja. Hrvatske vode sudjeluju i u nizu međunarodnih i projekata EU-a kojima je u cilju revitalizacija šuma, povećanje svijesti o utjecaju klimatskih promjena, rješavanje problema onečišćenih voda, zaštita od poplava i dr.
Od 2009. i donošenja Zakona o vodama i Zakona o financiranju vodnog gospodarstva u nadležnosti su vodnoga gospodarstva sve kopnene površinske, podzemne, prijelazne i priobalne vode, a teritorijalne osnove za upravljanje vodama su vodna područja (jadransko i dunavsko), područja malih sljevova (osnovna teritorijalna jedinica za obavljanje operativnih poslova) i sektori. Na području RH nalaze se 34 područja malih sljevova i šest sektora. Hrvatske vode upravljaju s više od 30 000 km vodotoka, 4100 km nasipa, 900 km lateralnih kanala, 60 višenamjenskih akumulacija, 50-ak retencija i više odteretnih kanala te velikim brojem regulacijskih i zaštitnih vodnih građevina.
Hrvatske vode danas provode aktivnosti za ostvarenje ciljeva postavljenih Strategijom upravljanja vodama (2008) provedbom mnogobrojnih vodokomunalnih infrastrukturnih projekata. Višegodišnji program gradnje regulacijskih i zaštitnih vodnih građevina i građevina za melioracije i Višegodišnji program gradnje komunalnih vodnih građevina doneseni su 2015. Hrvatski sabor je 2019. donio novi Zakon o vodama i Zakon o izmjenama i dopunama Zakona o financiranju vodnoga gospodarstva kao i Zakon o vodnim uslugama kojim se uredio institucionalni okvir za pružanje i cijenu vodnih usluga, pravni položaj i održivo poslovanje isporučitelja vodnih usluga, te djelovanje Vijeća za vodne usluge.